13 марта 1999 г. Святой и Божественный Синод Вселенского патриархата во время сегодняшней сессии рассмотрел сообщение о прошедшем собрании духовенства и мирян, представителей приходов Автономной православной церкви Эстонии. В рапорте Его высокопреосвященства архиепископа Карельского и всей Финляндии Иоанна, временного главы Автономной православной церкви Эстонии, сообщено об отсутствии в Эстонии кандидата на пост предстоятеля Эстонской Церкви. Вселенский патриархат избрал на кафедру Эстонии епископа Стефана, бывшего Назианзского. Таким образом, митрополит Стефан, иерарх который пользуется признанием и уважением эстонского правительства, был единогласно избран митрополитом Талиннским и всей Эстонии. Его высокопреосвященство митрополит Талиннский и всей Эстонии Стефан знает ситуацию и нужды Автономной апостольской православной церкви Эстонии со времени своего предыдущего служения там. Митрополит Стефан будет работать над полной реорганизацией этой церкви и, в свое время, на основе модели Автокефальной православной церкви Албании, сформирует местные эстонские епископии. На той же сессии Святой и Божественный Синод Вселенского патриархата поставил трех епископов на вакантные кафедры Святой Архиепископии Америки.
