Официальное приглашение посетить Грецию Папе направил президент страны Константин Стефанополус во время своего визита в Ватикан в начале 2001 г. Посещение Понтификом Греции, Сирии и Мальты объявлено Ватиканом паломнической поездкой по местам проповеди апостола Павла. Два года назад Иоанн Павел II уже планировал посетить Грецию, однако вынужден был отказаться от этих планов из-за поднявшейся тогда волны протестов.
Уже 25 апреля в центре Афин тысячи православных провели демонстрацию против предстоящего визита в Грецию Папы Римского. Демонстранты, среди которых были священники и монахи, несли иконы, большие деревянные кресты и скандировали: «Долой Папу!» «Позволить Римскому Папе приехать в Грецию — это осквернение памяти наших святых», — заявил преподаватель богословия Афинского университета Гиоргос Металинос на антипапском митинге 2 мая, в котором также участвовали тысячи людей. Полицейские регулярно смывали с городских стен лозунги против Папы. Многие священники Греческой Православной Церкви считают главу Католической Церкви «архиеретиком» и «гротескным двурогим монстром из Рима».
Представители Элладской Православной Церкви выступили против традиционного целования земли. Поэтому когда Иоанн Павел II 4 мая прибыл в греческий аэропорт «Спата», ему вручили лишь букет цветов и оливковую ветвь. Однако одна монахиня самозванно все же поднесла ему горсть земли. Это первое посещение Греции Папой Римским в новейшей истории.
Ни Патриарх, ни Афинский митрополит не встретили Папу, а в большинстве монастырей в день его приезда монахи в знак траура звонили в колокола. Митрополит Христодул, скованный рамками церковной дипломатии, не допускал резких высказываний в отношении этого визита, однако его отъезд в Москву буквально через несколько часов после приезда Понтифика в Афины выглядел демонстративной акцией.
Сегодня из 10,5 млн. граждан Греции 60 тысяч — католики (по данным на 1995 г., православные составляли 94% населения, а католики — 0,5%), кроме того, 200 тыс. иностранцев в Греции — католики.
Желая смягчить напряженность вокруг своего приезда в Грецию, Папа Римский сказал: «Да дарует нам Господь прощение, которого мы просим у него за те случаи в прошлом и настоящем, когда сыны и дочери Католической Церкви грешили действиями и бездействием против своих православных братьев и сестер». В качестве примера преступлений католиков Папа привел завоевание Константинополя крестоносцами в 1204 году.
Из Греции Понтифик вылетел в Дамаск и посетил место, где Христос явился апостолу Павлу. В Сирию Иоанн Павел II прибыл 5 мая и провел там четыре дня.
Иоанн Павел II стал первым Папой, который вошел в мечеть. Символическая встреча приверженцев двух религий состоялась в мечети Умайад, построенный в VIII веке н.э. Это старейшая каменная мечеть в мире, и она очень дорога не только для мусульман, но и для христиан, поскольку в ней находится могила Иоанна Крестителя. В ней мусульмане и христиане впервые совершили совместную молитву.
7 мая Папа посетил город Кунейтра на Голанских высотах. Там он произнес молитву за мир на Ближнем Востоке. Город Кунейтра, где прозвучали эти слова, был почти полностью разрушен в 1974 г. в результате израильских бомбардировок. Сирийцы утверждают, что Кунейтра будет стоять в руинах до тех пор, пока израильские войска не уйдут со всей территории Голанских высот. В Кунейтре Папу встречало несколько тысяч человек. Все они когда-то жили в этом городе, но затем были эвакуированы. Глава Римско-Католической Церкви произнес на развалинах Кунейтры: «Помоги им, Господи, разрушить разделяющие их стены ненависти и построить мир, в котором царят справедливость и уважение друг к другу».
На Мальту Понтифик прибыл 9 мая. Восторженные толпы католиков (93−98% населения Мальты — католики) с флагами Ватикана и портретами Папы заполонили Амбарную площадь и прилегающие к ней улицы Ла-Валетты, чтобы послушать мессу, которую здесь провел Иоанн Павел II. До 200 тысяч человек — половина населения Мальты — собрались на церемонию причисления Папой Римским к лику блаженных трех самых почитаемых священнослужителей государства.
