Перед освящением в храм прибыл митрополит Токийский и всея Японии Даниил. После торжественной встречи духовенством предстоятеля Японской Автономной Православной Церкви митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл в сослужении епископа Сендайского Серафима и епископа Уссурийского Сергия совершил освящение храма. Крестным ходом вокруг храма были обнесены мощи священномученика Иоанна (Поммера), архиепископа Рижского, которые были положены в основание престола.
Первую праздничную литургию в новоосвященном храме возглавил митрополит Токийский Даниил, которому сослужили митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, епископ Сендайский Серафим, епископ Уссурийский Серафим и духовенство Владивостокской епархии и Подворья в Токио. Праздничное богослужении состоялось, несмотря на будний день, при большом стечении духовенства Японской Православной Церкви и верующих — как японцев, так и представителей России, Украины, Белоруссии и других православных стран.
После богослужения председатель ОВЦС обратился со словами приветствия и поздравления к верующим. Новоосвященному храму в качества дара Высокопреосвященнейший Кирилл передал напрестольное Евангелие, подчеркнув важность в наши дни точного следования словам Божественного благовестия. Митрополит Смоленский и Калининградский призвал всех собравшихся поздравить митрополита Токийского Даниила с днем памяти его небесного покровителя — благоверного князя Даниила Московского — празднуемого в этот день, и огласил поздравление Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия. На молитвенную память в связи с тезоименитством и 70-летием со дня рождения митрополит Кирилл преподнес митрополиту Даниилу панагию.
Председатель ОВЦС особо отметил роль настоятеля Подворья в Токио протоиерея Николая Кацюбана, который на протяжении 18 лет неленостно трудился над вопросом строительства храма и вручил ему высокую Патриаршую награду — орден Русской Православной Церкви преподобного Серафима Саровского 3-й степени. На молитвенную память прочим клирикам подворья — протоиерею Иоанну Нагая, протодиаконам Иакову Нагая и Владимиру Цудзи — митрополит Кирилл вручил иконы. В своем слове Председатель ОВЦС поведал, что с Подворьем в Японии его связывают особые узы — большинство клириков Подворья обучались в Санкт-Петербургских духовных школах в период его ректорства.
Также Патриарших наград были удостоены прихожане Подворья в Токио, наиболее активно помогавшие строительству храма. Орденом Русской Православной Церкви преподобного князя Даниила Московского 3-й степени был награжден Николай Такамацу. Патриаршие грамоты митрополит Кирилл вручил Любови Семеновне Швец, Маргарите Васильевне и Екатерине Васильевне Швец, Игорю Симидзу и Наталье Андреевне Тогаси.
В ответном слове настоятель подворья протоиерей Николай Кацюбан тепло поблагодарил собор архипастырей, собравшихся на освящение, что является самым ярким примером глубоких и тесных связей наших братских Церквей. На молитвенную память об этом значимом в жизни православной Японии событии отец настоятель преподнес иерархам иконы небесного покровителя храма благоверного князя Александра Невского. Верующие получили памятные иконки из рук митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла во время крестного целования.
В посольстве России в Японии был организован прием по случаю освящения нового храма Подворья Русской Православной Церкви, на котором присутствовали митрополит Токийский и всея Японии Даниил, митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, епископы, духовенство и верующие Русской и Японской Автономной Православных Церквей, бывший премьер-министр Японии И. Мори, послы Украины и Таджикистана, временный поверенный в делах Белоруссии, сотрудники посольства России, наши соотечественники. В рамках приема состоялась рабочая встреча митрополита Кирилла с главой тайбэйского представительства Московско-Тайбэйской координационной комиссии по экономическим и культурным связям С.Н.Губаревым, в ходе которой были обсуждены перспективы пастырского окормления наших соотечественников на Тайване. По итогам состоявшихся торжеств Председатель ОВЦС ответил на многочисленные вопросы корреспондентов ведущих японских и российских СМИ.
Вечером того же дня митрополит Кирилл посетил токийское кладбище и совершил литию на могиле о. Павла Савабэ — первого японского православного священника, просвещенного светом Христовой проповеди равноапостольным Николаем Японским. Русская линия
12 сентября 2008 года, когда Православная Церковь празднует