После октябрьского переворота 2000 года Милошевич был арестован в Белграде 1 апреля 2001 года и заключен в Центральную тюрьму, откуда и был отправлен в Гаагу.
Слободан Милошевич оказался первым в истории главой государства, обвиненным в военных преступлениях, которого пытался судить международный суд. Всего против Слободана Милошевича МТБЮ выдвинул три обвинения. Первое — за «преступления против человечности, совершенные в Косово в первой половине 1999 года» во время натовских бомбежек Югославии. Второе — за «преступления против человечности, нарушение законов и обычаев войны в Хорватии». Третье — за «геноцид и преступления, совершенные в Боснии и Герцеговине с августа 1991 года по декабрь 1995 года».
Судебный процесс начался 12 февраля 2002 года. С этого времени и по 25 февраля 2004 года трибунал пытался привести доказательства вины Милошевича. За это время было допрошено 300 свидетелей. Милошевич разбил все «доказательства» и вышел безусловным победителем из этой части процесса, что признавали даже многие неприятели экс-президента.
Милошевич отказался от адвокатов и вел свою защиту сам. Ее он начал 31 августа 2004 года. До 1 марта 2006 года, когда Милошевич последний раз появился в зале суда, выступили 52 свидетеля защиты, в том числе бывший премьер России Е.М.Примаков, генерал-полковник Л.Г.Ивашов.
Судебный процесс несколько раз прерывался из-за проблем со здоровьем у С.Милошевича. В феврале 2006 года Милошевичу было отказано во временном освобождении для лечения в Москве. Тем самым гаагские палачи подписали бывшему президенту смертный приговор. 11 марта 2006 года он был найден мертвым в тюремной камере.
Слободан Милошевич был похоронен в родном городе Пожаревац во дворе семейного дома. Русская линия
В святой для сербов день на Видовдан (28 июня) тогдашние демократические правители Сербии выдали