Епископ Иоанникий родился в 1959 г. в черногорском селе Велимле (местность Баняни), в семье Саввы и Видосавы Мичович, урождённой Копривица. Начальную школу закончил в родном селе, а среднюю (гимназию) — в г. Никшич. Изучал философию в Белграде, где в 1990 г. закончил Богословский факультет Сербской Православной Церкви. 30 октября 1990 г. пострижен в монахи в монастыре Челия Пиперская, 7 февраля 1991 г. рукоположен в иеродиакона, а десять дней спустя — в иеромонаха. В 1991—1993 гг. о. Иоанникий был настоятелем монастыря Савина в г. Герцег-Нови, а потом был назначен наместником Цетиньского монастыря и преподавателем Цетиньской семинарии свт. Петра Цетиньского. В 1995 г. стал протосингелом и исполняющим обязанности ректора Цетиньской семинарии. 14 мая 1999 г., на заседании Священного Архиерейского собора Сербской Православной Церкви, избран епископом Будимлянским, викарием митрополита Черногорско-Приморского Амфилохия (Радовича) с утверждением в должности ректора Цетиньской семинарии. Епископская хиротония совершена Патриархом Сербским Павлом 3 июня 1999 г. в Цетиньском монастыре. В Цетинье владыка Иоанникий и возглавляемая им семинария свт. Петра Цетиньского неоднократно подвергались преследованию со стороны приверженцев псевдорелигиозной группировки расстриги Мираша Дедеича, именующей себя «Черногорской Православной Церковью». В апреле 2001 г. владыка Иоанникий с группой цетиньских семинаристов посетил Россию, где 17.04.2001 г. в Свято-Даниловом монастыре был принят Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, а 19.04.2001 г., в четверг Светлой седмицы, служил литургию в церкви прп. Сергия Радонежского в Троице-Сергиевой Лавре. Архиерейский собор Сербской Церкви в мае 2001 г. принял решение о восстановлении Будимлянско-Никшичской епархии, а владыка Иоанникий был избран её администратором, а спустя год — и епархиальным архиереем, 23-им по очереди. 4 августа 2002 г. в монастыре Джурджеви Супови была совершена интронизация владыки Иоанникия. Будимлянско-Никшичская епархия охватывает более половины (северную часть) территории Черногории, выделенную из канонической территории Черногорско-Приморской митрополии, и около 40% ее населения, из которых 60% православных, а 40% мусульман. Резиденция епископа находится в монастыре Джурджеви Ступови (Георгиевские столбы) близ г. Беране, но также есть резиденция и в самом крупном городе епархии — Никшиче.
