Наиболее дискуссионным стал вопрос, связанный с процедурой избрания Предстоятеля Русской Православной Церкви Поместным Собором. Этот вопрос расколол православную общественность на сторонников и противников избрания Святейшего Патриарха посредством жребия. «Русская линия» в обсуждении вопроса о выборах нового Патриарха старается занимать не партийную, а церковную точку зрения. Суть позиции РЛ сводится к тому, что в нынешних условиях наилучшим вариантом является избрание Предстоятеля путем жребия. Вначале главный аргумент в пользу этой процедуры избрания был чисто теоретическим, — закончилась советская эпоха, не пора ли нам вернуться к досоветской практике выборов Предстоятеля, и предоставить самому Господу возможность прямо указать нам Патриарха, как это было в случае со Святителем Тихоном. Теперь же, когда градус партийной борьбы зашкаливает, идея жребия начала обретать вполне осязаемое практическое измерение. По нашему мнению, жребий является наилучшим способом избрания преемника Патриарха Алексия еще и потому, что таким путем будут притушены разгоревшиеся не на шутку страсти.
Второй вопрос, вызвавший не менее острые споры, касается кандидатур на Патриарший Престол. В основном полемика развернулась вокруг двух претендентов на пост Предстоятеля Русской Православной Церкви — Местоблюстителя Патриаршего Престола митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла и управляющего делами Московской Патриархии митрополита Калужского и Боровского Климента.