Что Вы называете историей Земли, мне непонятно: геология или история. Но неважно. Я не вижу принципиальных отличий истории как науки, использующей аппарат логики, и той же самой логики как раздела математики. В любой науке, претендующей на звание таковой, процесс формирования теорий происходит в основном так, как я описал.

С эволюционизмом (если Вы его имеете в виду) "исторически сложилось" так, что эта гипотеза (именно гипотеза, а не теория) зиждется на предубеждении большой группы ученых: трудность для них состоит в том, что именно факты и не ложатся в нее. Роявляются все новые и новые "неудобные" факты, а тех, которые им нужны, так и нет (переходные формы). Но потихоньку дарвинизм сдает свои позиции. Например, на Западе, насколько мне известно, отказались от уже ставшей хрестоматийной схемы, изображающей "стадии развития" человека от обезьяны с постепенным выпрямлением осанки.

В вопросе с Иоанном Грозным подвергать сомнению очевидные исторические факты - не интерпретации, а именно факты, документы - мне представляется просто глупым. В истории есть методы установления подлинности документов. Очень часто по причинам, не зависящим от авторов этих документов, историку удается вполне однозначно показать либо их подлинность, либо недостоверность: логика есть логика. Если такое имеет место быть (а это так в нашем случае), спорить просто бесполезно - нужно иметь мудрость и мужество ученого признать свою ошибку, если факты противоречат принятой схеме. Вот и все. Я еще раз повторяю, что лично я очень был бы рад, если бы ВСЕ известное исторической НАУКЕ о царе Иоанне Грозном оказалось подделкой, но это, к сожалению, утопия (уж не говоря о имеющемся церковном предании, однозначно характеризующем этого исторического деятеля - от этого тоже никуда не деться). Увы...

В этом вопросе есть еще один нюанс. "Почитание" Иоанна Грозного нужно либералам и их кукловодам в их проекте по маргинализации Церкви в современной России.