Канонизация митрополита Филиппа была непосредственно связана с наложением запрета на деяния Стоглавого собора. Современные исследователи считают, что в канонизации Филиппа был особо заинтересован патриарх Никон. Он считал, что именно Церковь является истинной охранительницей христианства и не только от иноверцев, но даже и от русских царей, в том случае если они выбирают неправильный путь. Никон отстаивал право Церкви на религиозно-нравственную оценку деяний светской власти. Филипп привлекал Никона тем, что не побоялся воспротивиться царю и напомнил ему о праве Церкви выносить приговор светским правителям.

Под руководством Никона Алексей Михайлович составил послание к Филиппу, в котором приносил публичную повинную за согрешение своего предка Иоанна Васильевича, возненавидевшего митрополита за правду и поступившего с ним неправедно. В своем покаянии Алексей Михайлович использовал послание императора Феодосия к почившему Иоанну Златоусту, также содержавшее мольбу за грехи отцов. "Молю тя и придти тебе желаю семо, еже разрешити согрешения прадеда нашего царя и великого князя Иоанна, нанесенное на тя нерассудно завистию и неудержанием ярости... И сего ради преклоняю сан свой царский за оного, иже на тя согрешившего, да оставиши ему согрешения его своим к нам пришествием...", - писал Алексей Михайлович. [9] Современный исследователь обращает внимание на то, что собственные взгляды Алексея Михайловича уже в момент перенесения мощей Филиппа отличались от содержания послания, внушенного Никоном. В письме к князю Н.И.Одоевскому, описывающему встречу мощей Филиппа в Москве, Алексей Михайлович описывал конфликт Ивана IV и митрополита другими красками. Царь проклинал клеветников, мздоимцев и гонителей, видимо, и ставших причиной гнева Иван IV на Филиппа. "Не все ли зде месть восприняли от прадеда моего, царя и великого князя Ивана Васильевича?", - писал Алексей Михайлович. [10]

На Соборе 1666 года, где проходил суд над Никоном, Алексей Михайлович еще раз подтвердил, что историю конфликта Ивана IV и Филиппа ему преподнесли в неверном свете. На Соборе была зачтена грамота Никона Константинопольскому патриарху, в которой упоминалось, что Никон переносил из Соловецкого монастыря мощи Филиппа, неправедно мучимого Иваном IV. Алексей Михайлович по этому поводу заявил: "Для чего он, Никон, такое бесчестие и укоризну блаженные памяти великому государю царю и великому князю Ивану Васильевичу всея Руси написал". [11]
"Развенчание некоторых исторических мифов." Юрий Кондаков