Р.Н. Юрьев
/Ну, это из разряда высказываний заядлых сталинистов про то, что репрессии 37-го года были нужны для того, чтобы подготовиться к войне./

св. Макарий Невский не был заядлым сталинистом, но он писал, что Грозный спас Русь.

/Бог попускает меньшее зло, но это Его прерогатива/

Не совсем так.

http://www.hramsp.ru/publish/example/index.php?id=12
Третий брак терпится только как меньшее зло во избежание большего зла – распутства (объяснение святого Василия Великого).

http://www.nfhram.ru/gazeta/18.pdf
Несомненно, что война есть зло. Но войну оборонительную следует
признать, как меньшее зло в сравнении с допущением неприятеля на территорию своей страны и всех последствий агрессии.

Смертная казнь преступника относится также к общественному злу и может быть объяснима необходимостью уберечь благонамеренных граждан от большего зла — грабежа, насилий и убийств.

/иначе можно и Иуду оправдать, примыслив тут себе какую-нибудь благую цель/

Думаю, что предательство Иуды - величайшее зло, а не меньшее.

/из того же Синодика
святые (прп. Корнилий Печерский и митр. Филипп)./
А убиение святых – это необходимое зло, борьба с крамолой?/

Знаю, что митрополита Филиппа нет в Синодике. Он есть только в каком-то списке, предпосланном копии Синодика времён Петра I.

На Соборе 1666 года:
http://www.magister.msk.ru/library/history/makary/mak5203.htm
Никон писал, что, будучи еще митрополитом, он послан был в Соловецкий монастырь "мощей ради св. священномученика Филиппа, митрополита Московского, егоже мучи царь Иван неправедно". Государь: "Для чего он, Никон, такое бесчестие и укоризну великому государю блаженной памяти Ивану Васильевичу всея Руси написал?

В "Житии" не говорится, что Грозный велел убить митрополита.

Не исключено даже, что святой был задушен до прибытия Скуратова в монастырь, чтобы не допустить его встречи со святителем.

Такую версию предлагает к. ист. н. Н. Пушкарева. Иван Грозный: Мучитель или мученик?
http://www.bookssite.ru/scr/page_136891.html

Алексей Михайлович писал о гонителях Филиппа:
http://www.portal-slovo.ru/history/35630.php
Где гонители, где ложный совет, где обаятели, где соблазнители, где ослепленныя мглою очи, где хотящия восприять власть гонимаго ради? – Не все ли зло погибли, не все ли исчезли во веки, не все ли здесь месть восприяли от прадеда моего царя и великаго князя Иоанна Васильевича всея Руси и там месть вечную приимут, если не покаялись.

Вот, оказывается, кто стал "жертвой террора" Грозного.

/Но, неужели "опричный террор" был настолько незаменим и необходим и был "меньшим злом" по сравнению, например, с реформами Избранной Рады???/

Недавно доктор ист. наук, акад. И. Я. Фроянов издал монографию "На путях к опричнине", где очень подробно разобрал вопрос об Избранной Раде, почему её было необходимо заменить. Монографию очень толстая, там подробнейший разбор проблемы, историографии, аргументов и контраргументов - я не могу её здесь излагать. Ознакомьтесь, пожалуйста. Мне кажется, убедительно.