"Так, в общем, в статье всё понятно, но о "КГБ" и "неканонической церкви" не совсем понятно о чём идёт речь :"…полуязыческая Абхазия, в которой КГБ изгнала из страны всех русских монахов,…, и насаждает неканоническую национальную церковную структуру…"."

Если не ошибаюсь, тут просто структура предложения получилась немного неудачной. По-моему автор говорит тут о грузинской Церкве, а не о том что КГБ сейчас что-то насаждает. Это два отдельных момента, если прочитать весь параграф целиком.