Благочестие - это соблюдение предписаний религии. Да, Вы правы, каюсь - атеизм в полном смысле религией не является, стало быть и благочестие в нем невозможно.
А вот соблюдать предписания даже неправильной религии - элементарно. Можно быть благочестивым мусульманином, иудеем или католиком. Ко спасению души это отношения не имеет.