В 1858 году в царствование императора Александра II председатель геральдической палаты Российской империи барон Кене обратил внимание государя на то, что цвета государственного флага России не совпадают с цветами государственного герба (что шло вразрез с правилами немецкой геральдики). Несмотря на то, что в действительности цвета русского флага соответствовали цветам центрального, древнейшего изображения государственного герба империи, а именно — герба Москвы, барону Кене удалось убедить императора в необходимости создания нового флага. Не исключено, что на это решение повлияло то обстоятельство, что ещё одна империя того времени — Австрийская — использовала сходный флаг, представлявший собой чёрно-жёлтое полотнище (цвета Священной Римской империи германской нации XV—XIX веков).

Российское общество не принимало этот новый символ государственной власти: в сознании русских чёрно-жёлтые цвета ассоциировались с Австрией и правящим там домом Габсбургов. В империи параллельно существовало два флага: чёрно-жёлто-белый — национальный «де-юре» и бело-сине-красный — национальный «де-факто», причём предпочтения населения повсеместно отдавались последнему.

На основании выводов специально созданной комиссии под руководством генерал-адъютанта адмирала К. Н. Посьета:
«Бело-сине-красный флаг, учреждённый императором Петром Великим, имеет за собой почти 200-летнюю давность. В нём замечаются и геральдические данные: московский герб изображает белого всадника в синем плаще на красном поле. Подтверждением этим цветам служат и флаги в военном флоте: 1-я линия обозначается красным, 2-я — синим и 3-я — белым флагом с Андреевским крестом в крыже. Контр- и вице-адмиральские флаги соответственно имеют красную и синюю полосы, наконец, гюйс составлен из цветов: белого, синего и красного. С другой стороны, бело-жёлто-чёрный цвета ни исторических, ни геральдических основ за собой не имеют»,
28 апреля 1883 года Александром III было издано «Повеление о флагах для украшения зданий в торжественных случаях», предписывавшее использовать исключительно бело-сине-красный флаг.