Виновность определяется не только по показаниям очевидцев, но и по "почерку".
Если в порыве гнева Иван IV убил прп. Корнилия и его келаря, старца Вассиана (что бесспорно, хотя бы из надписи на раке преподобного, если уж монахам - http://www.rusk.ru/st.php?idar=21075
- и тропарям Вы не доверяете).
Если во Пскове убил как минимум 1490 человек, которых сам записал в синодик (ссылки на него выше).
Если противозаконно выгнал с митрополичьей кафедры свт. Филиппа, отправив его в ссылку (что также подтверждается документально).
То это вполне характеризует его личность для того, чтобы оценивать другие факты и доверять летописям, живописующим отрезанные головы бояр и челяди, архиепископов и чернецов.
Некоторые выдвигают версию, что гнев Ивана Грозного на бояр обусловлен их нежеланием участвовать в Ливонской войне. Действительно, особого энтузиазма эта война (в нарушение договоров с соседями и в сложных условиях на востоке страны) не вызывала. Но история ведь подтвердила их правоту - Ливонскую войну Россия проиграла, потеряв или быв вынужденной выкупать те земли, которые имела до её начала. Кроме того, бояре находились под постоянным страхом опалы, независимо от результатов своих военных действий - тот же Курбский вполне успешно защищал Юрьев, когда до него дошли сведения о гонениях на всех, кто был с ним связан в Москве.
Тысячи - это явление относительное, людская молва, конечно, любые цифры назовёт и в этом нет ничего удивительного. Утверждают, что согласно французским данным, Наполеон ввёл в Россию в 15 раз меньше солдат, чем это следует из русских источников. А немецкие лётчики-асы сбили в общей сумме советских самолётов в несколько раз больше, чем выпустила наша промышленность.