Просмотрел учебник, на указанных страницах подобных текстов, которые критикует автор статьи по Вашей ссылке - не нашёл, как не нашёл и подобных утверждений. Может быть, речь идёт о предыдущей редакции учебника (у меня 2006 года).

В приложении есть обширный список рецензий, я думаю, их можно было бы выложить для всеобщего сведения.
Что касается благословения Святейшего Патриарха, то оно стоит и на моём издании, и сомневаться в его действительности не приходится, хотя бы потому, что издан учебник в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре.
По поводу якобы подложного редакторства Алтухова уже были обвинения, и они опровергнуты автором учебника (кстати, в том числе и на страницах РЛ).
Обвинение в плагиате - это серьёзное заявление, влекущее даже уголовную ответственность, не говоря уже об ответственности "научной" (лишение учёной степени). Судя по тому, что никаких последствий оно не имело, это голословное обвинение, впрочем, всё это можно при желании проверить.
Что касается замечаний по существу, то, безусловно, какие-то замечания были и будут, как и к любому учебнику. Надо различать замечания мировоззренческие (вот, например, цитата из одной отрицательной рецензии: "Даже у взрослого человека сохраняется одна жаберная щель. Это ухо") и замечания по существу (уточнение терминологии, приведение ссылок, исправление ошибок в некоторых утверждениях). С первыми можно и нужно дискутировать, может быть, даже включать их в сам учебник в качестве критики; со вторыми нужно соглашаться, если они обоснованны и благодарить рецензентов: с таким строгим, сверхстрогим подходом, учебник рискует оказаться лучшим среди всех учебников по биологии, когда-либо издававшихся в России.

Как к любому из хороших начинаний обязательно будут многочисленные претензии, будут обвинения во всех тяжких, будет клевета и осмеивание.
Но факт остаётся фактом: это первая попытка изложить биологию (знание о жизни) с православной или, по крайней мере, не-атеистической точки зрения.
Претерпевший же до конца автор, уверен, получит свою награду из рук отнюдь не министерского начальства.