Вы пишете: "Что же теперь - будем считать, что Церковь всё это время ошибалась?"

Нет, совсем НЕ обязательно так считать.
Совсем НЕ обязательно мазать все либо белым (и канонизировать), либо черным (и проклинать). Еще есть масса цветов и оттенков.

Чтобы публично мазать грязью "САМОДЕРЖАВИЕ ДУХА", маловато было прочитать его на скорую руку, как это сделал автор статьи.

Митрополит Иоанн всего лишь показал пример, КАК надо относиться к своей истории с любовью и уважением, не замазывая черным, и не отбеливая. К сожалению, это для многих остается непостижимой премудростью. Уважение и любовь к истории - это можно найти где угодно, только не у нас в России.