Схема обычная англиканско-протестантская: во главе всех стоит король/император, "первый мирянин", ему подчинены все ведомства страны, включая церковные.
От приставки "Правительствующий", конечно, зависел статус, но всё равно это был статус одного из важных государственных органов. Коллегии изначально подчинялись Сенату, но не все (например, долго сохранял самостоятельное существование Поместный приказ), а после реформ Александра 1, коллегии были преобразованы в министерства, но подчинённые не Сенату, а Кабинету министров, Сенат же выродился в обыкновенный судебный орган, принимавший решения по частным вопросам, что-то вроде смешения нынешнего Верховного Суда и Управления делами президента.
Стоит ли говорить, что в 20-м уже веке появилась государственная дума, чуть раньше государственный совет, - всё это органы, имевшие бОльший статус, чем Синод. Статус каждого органа и ранее, и теперь определяется "доступом к телу", по этому критерию Синод был на 5-м месте после прочих государственных органов: госсовет, кабмин, госдума, сенат.