*... мы должны молиться о упокоении его души и воздерживаться от голословных обвинений в его адрес. Даже если вы негативно к нему относитесь. И так мы сохраним мир в Церкви и в обществе.*

Мы также должны воздерживаться от голословной его "защиты".
Однако автор (сознательно или нет) совершенно не освещает признанный ЦЕРКОВЬЮ факт, что перенесение мощей святителя оказалось возможным только после принесения Алексеем Михайловичем покаяния за царский грех пред святителем. Умалчивать в апологетической работе об этом чуде недопустимо: столь великое знамение бесспорно опровергает ЛЮБУЮ аргументацию в защиту непричастности царя к трагической судьбе святителя. Если же автор этот известный всем факт относит к разряду легенд, то он ОБЯЗАН привести аргументацию в пользу этой своей версии. В противном же случае (т.е при умолчании об этом факте) автор САМ перечёркивает собственные доводы в защиту непричастности
Малюты и царя к гибели митрополита.
В этом и состоит вольная или невольная, но ГОЛОСЛОВНАЯ "защита" автором статьи правоверности царя Иоанна Грозного.

Что же касается молитвы за царя Иоанна, то тут никто ничего не ДОЛЖЕН, как Вы считаете, но каждый сам решает, за кого ему молиться.
ССылка же на слова Патриарха по поводу убийства Священника Даниила Сысоева и использование её в качестве аналога ситуации с Иоанном Грозным СОВЕРШЕННО НЕУМЕСТНЫ.