Вина казнённых семейств была доказана ими самими, поставившими подписи в перемётных письмах польскому королю, в которых новгородская знать призывала его напасть на Русь, свергнуть царя Иоанна, вместо него поставить другого, из числа бояр-заговорщиков, народ обратить в католичество а митрополитом (точнее кардиналом) поставить Пимена, который действительнео главный виновник в низложении и смерти м.Филиппа.

Тропарь интерпретировать не собираюсь, он был написан в 1955 г., при его написании использовались сведения из истории Карамзина (читай Курбского). То, что православные сайты (не все) сейчас размещают выписки из этой "истории" очень прискорбно, поэтому необходим компетенетный разбор всех первоисточников той эпохи. Те факты, которые Вы приводите (всех священников и диаконов новгородских церквей заключили в оковы и ежедневно с утра до вечера секли на площади, требуя с каждого по двадцати рублей пени), сами себя обличают в предвзятости и преувеличениях. Это не история а сплетни!