Я не знаю, что такое "протоукраинский" язык. О том, на каком языке говорили наши предки в веках 16-17 можно судить по казацким думам и знаменитому письму запорожцев турецкому султану. Этот язык в основе своей не отличается от современного украинского. Язык делопроизводства и т.н. высокой культуры того времени отличался, хотя и в нем чувствуется влияние разговорного. О более раннем периоде можно косвенно судить по прочему фольклору (обрядовые песни, сказки и т.д.) В чм отличие от русского, объяснить не могу, поскольку не филолог. Почитайте и сравните.
Я вообще не считаю этот вопрос принципиальным, как и вопрос генетической близости русских и ураинцев. Генетики, кстати, обнаружили, что англичане и шотландцы генетически ближе друг к другу, чем англичане - к другим германским народам, а шотландцы - к кельтам континентальной Европы (материал брали из древних галльских захоронений на территории Франции). И как это может повлиять на их национальную идентичность?