Во-первых, не нужно утрировать. Никто не считает Сталина русским царем.
Во-вторых, речь идет об отношении к истории. Соответственно Вашему подходу, люди 18 века, столкнувшись с небывалым доселе гонением гос.власти на Церковь, должны были бы клясть весь этот период русской истории, вечно требовать нравственного осуждения режима и призывать последующих самодержцев к постоянному покаянию.

Что касается защиты государства, то тут все очень просто. Государство защищает свой суверенитет. Наша церковь как организация подпадала под суверенитет государства. Таким образом, государство, ревниво охраняя свою власть в пределах территории страны, не допускала иноземного влияния на Церковь. Скажем, неполный де-факто гос.суверенитет Турции не обеспечивает Константинопольскому Патриарху полной защиты от влияния США. Эти элементарные «сведения» можно почерпнуть совсем не только из сталинской конституции. То обстоятельство, что зачастую государство само осуществляло репрессии в отношении Церкви этого факта не отменяет.

Парадокс в том, что иногда жесткое, почти враждебное отношение государства к Церкви для нее спасительнее, чем ее, Церкви, открытость для так называемой soft power со стороны заинтересованных сил. В этом смысле, защиту надо понимать прямо: в очаге заражения в противогазе, конечно, ходить не комфортно, но меньше опасность подхватить заразу.