1. Ограниченность естественной науки своей сферой это вполне нормально. Точно так же философия интересуется проблемами происхождения вещества, однако ей вроде бы за это не пеняют. Вообще естественники наблюдают только то, что существуют и в точности сказать, что было до того, как это сущее, не могут. Так, биологи изучают реально существующие организмы, а лохмато-умильные рожицы "древних до-человеков" рисуют за них фантазёры-художники.
2. Что касается Ломоносова, то выделение богословского факультета из МГУ было обусловлено ведомственной подчинённостью вопросов духовного образования Синоду, на что сам М.В. и указывал в своём проекте и что нашло отражение в Указе Императрицы Елизаветы: "Попечение о богословии справедливо оставляется Святейшему Синоду". Делать из этого далеко идущие выводы (о "борьбе с попами") прямо скажем будет большой натяжкой, впрочем, для советской историографии вполне допустимой. Пока писал текст, подоспели ссылки от Игоря. Обращу внимание по этому поводу на издание, на которые Вы ссылаетесь в отношении Ломоносова - Изд-во "АН СССР, 1959". Чего-то иного ожидать от тогдашних учёных не приходится.
3. За р.Б. Иоанна (И.П. Павлова) стоит заступиться, а то даже д. Андрей Кураев его в атеисты записал. Сведения о антирелигиозных настроениях И.П. Павлова почерпнуты из воспоминаний М.К. Петровой, как утверждается, близком друге И.Павлова. Воспоминания эти доступны в сети http://vivovoco.rsl.ru/VV/JOURNAL/VRAN/PAVLMEM.HTM
Однако доступны и более полные выдержки из её воспоминаний: http://www.infran.ru/vovenko/60years_ww2/petrova1.htm. Из них достаточно явно видно, что это был за человек (дочь и жена священника, которые, как она позже объясняла, были "не за Христа, а за социализм"). Текст очень плотно усеян просто любовными высказываниями в адрес т. Сталина, "мечта предстала воочию, осуществилась и все благодаря Ему – солнцу нашей жизни, которое всегда кротко и ясно все темное, непонятное нам освещает и всех нас бесконечно радует своими до предельности ясными и содержательными выступлениями и приказами. Ему, нашему чудесному, мудрому, самому человечному, самому доступному товарищу Сталину мы обязаны всем!". По моим сведениям, М.К. Петрова кончила жизнь, приняв яд в 1948 году. Уже из этих строк, можно понять, какова мера доверия к её словам об И.П. Павлове.
Между тем, достоверно известно, что Иван Петрович был старостой Знаменского храма на Знаменской пл. (ныне пл. Восстания) и посещал его отнюдь не только на Пасху и Рождество, а каждое воскресенье. И до тех пор, пока он был жив, большевики не осмеливались снести эту церковь (позднее взорвана, теперь там "кругляшка" ст.метро "Пл. Восстания").
Кстати, если сравнить тексты на Vivos voco и на сайте института Павлова, то обнаруживается, что атеистический журнал текстики-то малость поправил. Например, по поводу эпизода с заступничеством за двух офицеров:
на Vivos voco: "Смерть С.М. Кирова вызвала ряд тяжелых репрессий со стороны правительства", на Infran: "Когда после убийства С.М. Кирова наступила, вполне понятная волна репрессий и высылок из Ленинграда лиц, вселяющих подозрение"; на Vivos voco: "...два бывших офицера". Это оказалось правдой, недаром тогда на них было подозрение, и после смерти Ив.П. их выслали", на Infran: "Это оказалось правдой, недаром тогда на них было подозрение, они были подозрительные и после смерти Ивана Петровича были высланы". И так по многим моментам. Налицо попытка "подчистить" образ "пламенной любительницы товарища Сталина", не исключено, что в первую очередь для поддержания её лжи насчёт религиознозности И.П. Павлова, т.к. больше никакой ценной информации она не сообщает, кроме сведений о том, кто на сколько ей задержал паёк и как она голодала в Блокаду.
Конечно, нельзя исключать, что приврала она из лучших побуждений, но ложь от этого не перестаёт быть ложью.