Может вызвать, а может и не вызвать. Хотелось бы, если уж речь идёт о "споре науки и религии", доказательств, а не голословных заявлений. Тем более, что предмет давно преподаётся в разных регионах, исследовать этот процесс несложно. Пожалуйста, подсчитывайте, сколько конфликтов вызвал предмет в школах, где его преподают, а после этого стройте выводы.
Свобода совести сама по себе никакого блага не несёт. Благо несёт сама совесть, которая либо есть, либо нет. Кстати, с точки зрения последовательного атеиста никакой совести не существует, а есть целесообразность. Поэтому мне непонятен тезис о "порядочных и совестливых людях", каким образом оценена их порядочность и совестливость? По тому, во что они верят? Но ведь в совесть они не верят. О "патриотизме" и вовсе не говорю.