По-моему, смысл письма академиков достаточно прост: они богоборцы, ненавидят РПЦ. Про Гинзбурга все понятно: он еврейский националист и сионист, ибо открыто говорит о своих пожервованиях в синагогу, которая, по его мнению позволяет "сохранить этническую чистоту" евреям, говорит о необходимости всех евреев заботиться о благоденствии государства Израиль. Понятно,что в таком случае возрождение Православия для них - опасность того, что "гои" опять возродят свою власть в России и потеснят их соплеменников.
http://www.berkovich-zametki.com/Nomer23/Ginzburg1.htm
Т.е. для евреев национализм хорош только еврейский. Гои должны быть интернационалисты, обметиситься, перемешаться и превратиться в интерстадо без исторических корней. Такое стадо легче пасти.
Т.е., мотивация Гинзбурга понятна. Не вполне понятны мотивы иных, кто подписал письмо. Не понятно, почему Президент официально не ответил.