"То есть геологическое время на самом деле вовсе не время, а характеристика залегания пород? Можно ли сказать, что геохронология отражает не историю Земли, а последовательность этапов земной катастрофы (или нескольких катастроф)?"

Первая фраза - абсолютна верна.
Вторая - сказать можно. Кювье так и считал. Так считают протестанты. Но то, что именно так и было, а не иначе, строго доказать нельзя, можно говорить про большую правдоподобность. Есть даже экперименты французских геологов по быстрому осадкообразованию в потоке мощного потопа. Но вопросы происхождения, строго говоря, за пределами геологии и, уж тем более физики. Вообще за пределами рацио.
Наблюденные данные в природе (и в гораздо меньшей степени, в эксперименте) могут только опровергнуть какую-либо гипотезу, но не доказать, а указать на более правдоподобную. Все равно завершающим здесь будут предположения геологов.
Рассказ же Моисея опирается на реальное созерцание реальности. Конечно, он недостаточно подробен для слабоверующего ума, но для такого ума более подробный рассказ породит большее число вопросов.
Православие требует разрастание разума в пределах веры, а не разрастания веры в пределах возможностей человеческой мысли.
В основе науки лежит вера, а не наука в основе веры. Это современный рационализированный ум, не способный к вере, выдумывает и выдумывает, но убедительности хватает только до следующего раза.