Игорь Анатольевич, ранее Вы написали "в математике, логике заложены уже принципиальные изъяны рациональной науки", а теперь пишете "сама по себе математика - это необходимый, но не достаточный аппарат при использовании физических данных для изучения природы". Так что, по-видимому, речь идет не об "изъянах" математики, а об однобоком (а иногда и извращенном) использовании математики рационалистами, о чем я собственно и написал в своем первом посте.
В целом, Ваша позиция сводится к тому, что Вы хотите заставить науку, которая можно сказать по опередению отвечает только на вопрос "как", отвечать также и на вопросы "зачем", "для чего". Но ведь это будет уже не наука. Пусть знание, пусть истинное, но все-таки не наука.
Простой пример. Когда Вас спрашивают: "Как проийти в храм?", Вы же не задаете в ответ вопрос: "Зачем Вам туда нужно?", хотя, несомненно, этот вопрос гораздо важнее. Тому есть две причины: во-первых, об этом гораздо лучше распросит батюшка в храме, во-вторых, на то, как пройти в храм, цель его посещения не окажет никакого влияния (хотя, если Богу будет угодно, Он сам может и показать дорогу в храм и запретить ее, как в житие св. Марии Египетской).