...Как с православной точки зрения можно будет объяснить существование молекул, антиматерии, черных дыр, гравитацию и т.д.?...

Да, всё можно... Вот Вам маленький примерчик.
Учёные до сих пор спорят бесконечна ли Вселенная или нет. А верующие люди знают, что всё творение Божие - конечно, ограничено пространством и временем... Для верующего учёного этого вопроса просто нет...