Дорогой Олег!
Мне очень нравится Ваша "упертость" и желание пробиться к пониманию.
Однако мы с Вами, как я понимаю, дилетанты (надеюсь, в хорошем смысле этого слова) в области науковедения, и поэтому лучше не пытаться изобрести велосипед, а обратиться к профессионалам. Если Вам недостаточно текстов И.А.Непомнящих, приведу ряд цитат из книги крупного современного исследователя науки.
Итак, Никифоров А.Л. Философия науки: История и теория. М.: Идея-Пресс, 2006 (в интернете где-то тоже есть):
"Объекты реальности бесконечно сложны, изменчивы, текучи, они включены в универсальную систему взаимосвязей и взаимозависимостей. Человек не может сразу всесторонне охватить, познать ни одного реального предмета. Поэтому в процессе познания человек сознательно выделяет отдельные стороны объектов, временно отвлекаясь от всех остальных, проводит резкие разграничительные линии там, где их нет, сознательно упрощает и обедняет действительность (с.128).
Навязывая субъекту определенную концептуальную сетку, способы абстрагирования и конструктивизации действительности, теория изменяет его чувственный опыт и заставляет воспринимать мир специфическим образом (с.158).
Действительность расчленяется на ситуации и положения дел, благодаря тому, что теория онтологизирует содержание своих терминов и предложений, полученных в результате теоретизации фактов. Она строит свой собственный мир из постулируемых ею сущностей и свойств. Однако тому, кто верит в теорию, представляется, что мир имеет такое членение сам по себе, независимо от теории, а теория лишь «открывает» структуру мира. При этом опять-таки забывают о материально-производственной практике, которая входит в факты и через их посредство налагает свой отпечаток на картину, создаваемую теорией (с.160-161).
Научные утверждения нельзя непосредственно соотносить с действительностью, ибо они говорят о реальном положении дел лишь в той мере, в которой оно отображается в идиализированных объектах научных теорий (с.218)".

Добавлю к этому, что стыковка субъекта и объекта всегда исторична, культурнозависима и обязательно предполагает какие-то вненаучные мировоззренческие основания. И вот, в тех или иных теоретических построениях, в идеализациях и абстракциях важно обнаруживать эти основания и соотносить со своими смыслами, целями и верованиями. Если мы не хотим "ждать милостей от природы: взять их - вот наша задача", - это одно. И наука будет соответствующая. А если мы согласны с тем, "что вся тварь совокупно стенает и мучится доныне... и с надеждою ожидает откровения сынов Божиих" (Рим. 8:22,19), то и научная деятельность должна быть совсем другая.

Что касается синергетики, то Ваша ирония, по-моему, не уместна. В обсуждении одной из предыдущих своих статей Игорь Анатольевич ИСЧЕРПЫВАЮЩЕ ответил Вам, почему он не приемлет претензий синергетики. Поэтому, если Вы считаете, что осталось что-то неясное, то адекватней было бы вернуться к той дискуссии. От себя здесь дабавлю только, что синергетика за недолгий срок своего существования проявила дух антикреативизма, а значит безбожия. И если Вы хотите пользоваться какими-то ее наработками, то необходимо провести предварительную очитительную (я бы сказал ассенизаторскую) методологическую работу. И в любом случае не забывать, что Вы имеете дело не "объективностью" как таковой (?!), а с некоторыми модельными построениями.

Простите, если что. Надеюсь на дальнейшее взаимопонимание, а еще лучше - совместную работу.